Η Α.ΔΙ.Π.Π.Δ.Ε. διοικείται από τον Πρόεδρο αυτής και το Συμβούλιο που αποτελείται από τον Πρόεδρο του Ι.Ε.Π. (ο οποίος εκτελεί χρέη αντιπροέδρου της Αρχής), ένα μέλος Δ.Ε.Π. πανεπιστημίου, με εξειδίκευση στην αξιολόγηση εκπαιδευτικών συστημάτων ή στην οργάνωση και διοίκηση της εκπαίδευσης, δύο εκπαιδευτικούς της Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης και δύο εκπαιδευτικούς της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, οι οποίοι είναι κάτοχοι διδακτορικού διπλώματος σε αντικείμενο συναφές με την αποστολή και τις δραστηριότητες της Αρχής.
